Guna mendukung kepemimpinan operasional yang kuat serta mampu membuat keputusan yang tepat dan cepat, Program Studi Informatika Universitas Muhammadiyah Malang memiliki struktur organisasi seperti pada berikut:
Ketua Prodi Informatika
Sekretaris I Prodi Informatika
Sekretaris II Prodi Informatika